L’histoire du bâtiment emblématique du conservatoire de musique de Genève et de son mécène fondateur, commence le 12 novembre 1852, quand François Bartholoni, ledit fondateur et son frère Constant écrivent au gouvernement genevois pour formuler la demande d’une cession de terrain à la ville. Le projet est finalement reconnu d’utilité publique, une parcelle est cédée gratuitement le 22 mai 1855. Cette étape se révèle tout aussi importante pour le conservatoire que pour la ville de Genève qui prévoit alors plusieurs cessions de terrains pour les communautés religieuses de Genève. Ainsi le temple maçonnique (actuel sacré chœur, catholique) est édifié entre 1858 et 1859 et la synagogue, première de Suisse entre 1857 et 1859. On constate donc que dès le milieu du XIXème siècle, Genève est en plein développement architectural et artistique, et que le multiculturalisme est clairement valorisé, ce qui est assez unique à cette époque en Europe. Ce nouveau quartier construit sur l’emplacement des anciennes fortifications récemment détruites se veut moderne. La porte de Neuve, détruite elle aussi, allait devenir l’actuelle place Neuve. 

Mais avant ce développement incroyable, l’élégant nouvel édifice de l’architecte français Jean-Baptiste Lesueur se trouvait seul perdu au milieu des champs et des travaux d’aplanissement du futur quartier. Petit à petit, les fondations se construisent, les plans s’affinent et Genève fait partie des villes modernes du XIXème siècle.

Le bâtiment du conservatoire est construit dans un élégant style néoclassique clairement inspiré de l’architecture italienne. François Bartholoni a choisi l’architecte français Felix Callet (1791-1854) qui avait par le passé déjà réalisé sa propre villa, la fameuse Villa Bartholoni à Sécheron, actuel musée des Sciences. Malheureusement, l’architecte, en fin de vie, ne dépasse pas le stade de projet et c’est finalement Jean-Baptiste Lesueur (1794-1883), son colauréat du prix de Rome et professeur de l’Ecole des Beaux-Arts de Paris, qui réalise les plans et mène le projet à son aboutissement. Cet architecte français de la génération de Callet avait auparavant déjà travaillé et mené des recherches sur les styles italiens. Ce second choix est donc logique sachant que François Bartholoni était, bien que natif de Genève, issu d’une famille d’origines florentines. C’est précisément une inspiration du style de cette région d’Italie que l’on décèle sur les façades des deux bâtiments bartholoniens de Genève. 

Le bâtiment est construit de 1856 à 1858. La première pierre est posée le 14 juillet 1856.  Les travaux sont placés sous la responsabilité de l’architecte genevois Samuel Darier (1808-1884), lauréat du concours d’aménagement du territoire de 1848 pour l’extension de la ville à l’emplacement des remparts à détruire. Jean-Baptiste Lesueur occupé à Paris, se rend tout de même à plusieurs reprises à Genève pour inspecter l’avancée des travaux. Les équipes d’ouvriers engagées sont pour la plupart genevoises. Une partie des sculptures a tout de même été confiée à des artistes français. La majorité d’entre elles est de la main de Louis Dorcière, le sculpteur genevois, professeur de l’école de modelage de Genève à qui on doit plusieurs œuvres à travers la ville, notamment la fontaine des quatre saisons du Jardin Anglais, à la même période (1858).

Le bâtiment est construit en fonction de la salle de concert centrale dont le plafond atteint toute la hauteur de l’édifice, donnant une acoustique idéale pour les instruments de musique de l’époque. Les faces latérales du sommet de la salle sont équipées de petites fenêtres sur toute la longueur laissant apparaître une lumière naturelle lointaine. Le magnifique plafond est composé en relief et des allégories colorées sont représentées en peinture dans les deux extrémités de la salle. Au-dessus de la scène, l’orgue s’intègre pleinement à l’architecture. Autour de cette salle, un nombre très rudimentaire (mais suffisant pour l‘époque) de salles d’enseignement instrumental sont aménagées.

Cette seconde moitié du XIXème siècle s’écoule, la vie musicale genevoise se construit ainsi que l’architecture autour de la Place Neuve. C’est ainsi que le Grand Théâtre est inauguré en 1879 et le Victoria Hall en 1894. Ces deux grands temples de la musique et de l’art lyrique de taille bien plus ambitieuse sont placés à proximité du conservatoire. Là encore l’histoire nous montre l’importance du petit bâtiment et de l’institution qu’il abrite dans le développement musical de l’époque à Genève. Les plus illustres professeurs et compositeurs de l’institution sont à leur mort, commémorés par les bustes que l’on peut encore voir aujourd’hui au foyer ; Hugo de Senger, Bovy-Lysberg et Jean Adler. 

Vers le tournant du siècle, la petitesse du bâtiment devient sérieusement problématique alors que l’enseignement se développe et que le conservatoire prend petit à petit une vocation d’institution publique d’enseignement supérieur de la musique destinée à de futurs instrumentistes professionnels. A la fin des années 1910, on met enfin au point un projet d’agrandissement du bâtiment. Le comité du conservatoire fait appel à l’architecte Adrien Peyrot (1856-1918). Natif de Genève, cet architecte est aujourd’hui connu entre autres pour son fameux « Passage des Lions » aux rues basses. Le projet d’agrandissement se veut respectueux de l’architecture historique et de son style et Jean Bartholoni, petit-fils de François Bartholoni donne son accord et apporte son soutien financier. Les deux ailes supplémentaires sont terminées en 1911 et l’ensemble des utilisateurs du bâtiment peut alors profiter des salles supplémentaires. Néanmoins, seulement neuf ans plus tard, ces ailes supplémentaires sont à leur tour surplombées d’un étage se joignant au reste du premier étage de l’édifice, créant à nouveau des salles supplémentaires et l’actuelle salle de lecture de la bibliothèque musicale dans son style « belle époque ». Elle est composée de murs équipés d’armoires encastrées dont chaque porte est munie d’un grand miroir. L’ensemble de ces armoires en faces des grandes fenêtres rappelle une sorte de petite galerie des glaces. Au milieu de la salle, côté fenêtre, en face de la grande double porte, est aujourd’hui installé un buste de Jean Bartholoni. Tous ces travaux sont terminés en 1920. 

En 1962, l’année de la réouverture du Grand Théâtre de Genève à son tour largement agrandi, de gros travaux de restauration sont entrepris sur l’ensemble du bâtiment. Les immenses travaux du Théâtre avoisinant (profondeur des dessous de scène modernes) ont provoqué un affaissement de terrain qui provoque plusieurs fissures au bâtiment. Le conservatoire peut alors compter sur le soutien financier de l’Etat. Les travaux visent en priorité ces fissures et le toit qui posent alors de gros problèmes. Mais la Grande Salle est aussi restaurée et l’ensemble des salles d’enseignement et de pratique instrumentale insonorisée. Pour se faire, on réaménage chaque pièce en créant un faux plafond beaucoup plus bas que le vrai, ceci dans le but de contenir la réverbération. Le résultat de ce grand changement est la condamnation du haut de chacune des six fenêtres de la partie de 1910 et du coup, la création d’un vide entre le premier et le deuxième étage. Cet entresol est finalement rendu utile côté rue Alexandre-Calame, dans les années 1970, quand une énorme dalle de béton est coulée à la place du faux toit du rez-de-chaussée pour pouvoir y entreposer les tonnes de partitions que le conservatoire accumule pour sa riche bibliothèque. Les travaux des années soixante visent aussi les fondations du bâtiment autour desquelles on aménage quelques salles en sous-sol et une salle de ballet sous la grande salle de concert.

Le bâtiment est enfin classé monument historique le 24 janvier 1979. Cette étape historique et cruciale a poussé par la suite aux travaux de restauration de tous l’extérieur du bâtiment qui ont lieu entre 1987 et 1989. C'est à cette occasion que chaque statue est méticuleusement restaurée et nettoyée et qu’on procède à des analyses détaillées de chaque type de pierre utilisées à l’époque des différentes constructions, des informations aujourd'hui très précieuses.